La mappa si presenta come un insieme di bolle contenenti brevi caratterizzazioni di concetti e collegate tra loro.

Una mappa concettuale rappresenta graficamente una rete di relazioni tra concetti.

I concetti compaiono nella mappa in forma assai sintetica (tre, quattro parole per caratterizzare un concetto; non sono ammesse caratterizzazioni prolisse).

La struttura ha la forma di un albero che si ramifica verso il basso: vi sono bolle (cioè concetti) che si trovano a livelli più elevati (nella parte alta della mappa) e bolle che si trovano più in basso.

Il collegamento tra una bolla più "alta" e una bolla più bassa, indicato da un tratto che congiunge le due bolle, rappresenta una connessione (logica, argomentativa, causale, cronologica, predicativa, o di altro tipo). I tratti di connessione riportano una breve "etichetta" che determini di quale connessione si tratta.

Tra una bolla e le bolle di livello inferiore ad essa collegate, possono esistere connessioni diverse.

Distinzione tra connessioni e concetti.

Novak e Gowin, ideatori del metodo, danno per scontata una netta distinzione tra concetti e connessioni.: i filosofi saranno, ragionevolmente, assai più critici e, per una volta, più moderati.

Normalmente, i collegamenti presenti nella mappa sono del tipo "da padre a figli"; da un nodo superordinato ad uno o più nodi subordinati. Sono però consentiti, ed anzi auspicati, collegamenti trasversali tra rami lontani dell'albero, a patto che essi siano "significativi", non arbitrari né superficiali.

La mappa concettuale rappresenta una gerarchia.

Il concetto superordinato è più "inclusivo"; esso, in qualche modo, "include" i concetti di livello inferiore collegati.

Anche in questo caso, a Novak e Gowin si può imputare un eccesso di rigidità: il criterio di inclusività, infatti, se vale per le tassonomie, è assai più dubbio quando il collegamento sia di natura argomentativa, e diviene del tutto inaccettabile se il collegamento è causale o cronologico. Gli stessi Novak e Gowin, di fatto, mostrano di violare continuamente il criterio proposto.

Per cui:

"mettere più in alto" quei concetti che, secondo il proprio modo di vedere, sono "più importanti" o "fondamentali"; quelli senza i quali "il discorso non si reggerebbe", le chiavi di volta, quelli che hanno una centralità strutturale, che rappresentano i punti-chiave di tenuta e di connessione della rete.